Việc khai thác quá mức, liên tục các mạch nước ngầm ở nhiều khu vực đã dẫn đến suy giảm nghiêm trọng, làm cho đất đai bị sụt lún, dẫn đến nguy cơ cạn kiệt tài nguyên nước ngầm.
Theo kết quả nghiên cứu của Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia (Bộ Tài nguyên và Môi trường) cho thấy, tại tất cả vị trí đo đạc, mực nước ngầm đã giảm sút, có những nơi rất nghiêm trọng, đặc biệt vào mùa khô tại các tỉnh ven biển như: Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre. Hệ quả là tình trạng lún sụt mặt đất đang xảy ra ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long. Việc khai thác nước dưới đất với số lượng lớn và mật độ cao đã làm suy giảm nguồn nước dưới đất, dẫn đến tăng số lượng giếng khai thác, tăng thời gian và chi phí tưới tiêu, giảm năng suất. Ngoài ra, việc bơm quá mức nước ngầm cho các hoạt động nông nghiệp và nuôi trồng thủy sản khiến nước ngầm trong tầng chứa nước bị nhiễm mặn.
Ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long, các công trình quan trắc cho thấy mực nước dưới đất đều có xu hướng hạ thấp theo thời gian với tốc độ trung bình khoảng 0,06 – 0,4 m/năm tùy theo tầng chứa nước, trong đó các tầng chứa nước có tổng lượng khai thác lớn, có tốc độ hạ thấp lớn hơn, trong khoảng 0,3 – 0,4 m/năm.
Theo thống kê của Sở Tài nguyên – Môi trường tỉnh Bạc Liêu cho thấy, toàn tỉnh hiện có hơn 93.000 giếng khoan. Các địa phương có số lượng giếng khoan nhiều là huyện Vĩnh Lợi với hơn 25.800 giếng, Đông Hải gần 16.000 giếng, Thị xã Giá Rai hơn 15.800 giếng… Tuy nhiên, một trong những vấn đề đáng quan tâm là nhiều nơi người dân lạm dụng việc khai thác nguồn nước ngầm phục vụ sản xuất và sinh hoạt, gây lãng phí nguồn tài nguyên này, nhất là việc khoan giếng nước ngầm phục vụ nuôi trồng thủy sản.
Từ thực tế cho thấy, sử dụng nước mặt sẽ làm giảm nguy cơ ảnh hưởng của các nguyên nhân trên. Không chỉ vậy, sử dụng nước mặt để bảo vệ nguồn nước ngầm và nước mặt có vai trò quan trọng đối với sự phát triển kinh tế – xã hội của nước ta. Tuy nhiên tài nguyên nước mặt của Việt Nam đang phải đối mặt với nhiều nguy cơ lớn từ ô nhiễm môi trường, suy giảm nguồn nước, biến đổi khí hậu và cả áp lực phát triển kinh tế – xã hội, nhu cầu nước gia tăng, mâu thuẫn khai thác, sử dụng nước của các ngành, địa phương. Vì vậy Việt Nam cần tăng cường các giải pháp tổng thể nhằm quản trị tài nguyên nước mặt một cách bền vững.
